Galerija virusa, 25. studeni 2009. godine
Stalno neka gužva s tim virusima, gripe, razne verzije gripa, puno galame, a, istina je, i određeni broj teških ishoda zaraza, uključujući i smrti. Stoga sam pomislio da je dobro vrijeme da raskopam staro računalo u potrazi za slikama virusa koje sam stvarao proteklih 5 godina (huh... zar je već toliko prošlo...). Našlo se tu različitih uradaka, a najbolje sam izdvojio ovdje. Na slici iznad prikazan je echovirus (humani enterovirus B), vrlo zarazan RNA virus koji se može naći u gastrointestinalnom traktu, a može dovesti do vrlo teških posljedica (meningitis, miokarditis, problemi s jetrom). Užas. Ono što se na slici vidi su vanjski proteini virusa koji štite unutrašnjost virusa tj. njegovu jednovrpčanu RNA molekulu koja se stoga i ne vidi u ovakvom prikazu. Slika je izrađena prema eksperimentalno određenim koordinatama atoma u virusu (! da, danas se može čak i to do određene rezolucije !) koje sam našao u Protein Data Bank bazi podataka. Svaki atom prikazao sam kao kuglicu čiji je radijus reda veličine eksperimentalne rezolucije, a boja se mijenja ovisno o udaljenosti konkretnog atoma/kuglice od centra strukture.
Slika iznad prikazuje nodamura virus (Nodaviridae). Izgleda da ovaj virus za sad zaobilazi ljude. Dijametar mu je oko 30 nanometara. Ovdje je odabrana i drukčija paleta boja.
Iznad je prikazan virus hepatitisa B. Ovaj virus napada ljude, ali se zaraza uspješno sprečava cijepljenjem. Jedan od virusa u kojeg je cijepljenje dalo izrazito dobre rezultate. Ipak, hepatitis B predstavlja značajan problem današnjeg svijeta, a trećina (!) svjetske populacije bila je zaražena virusom. Hepatitis B ima DNA molekulu u svojoj unutrašnjosti.
Slika iznad prikazuje ringspot virus duhana (na žalost ne znam prijevod na hrvatski). To je biljni virus koji napada mnoge biljke, tj. nije selektivan s obzirom na domaćina, a prvi je put opažen na duhanu pa mu otuda i ime. Inače, što se tiče boje kojom sam obojio viruse: strogo govoreći, nema smisla govoriti o boji na skali virusa, jer su valne duljine vidljive svjetlosti od oko 380 nm do 750 nm, dakle znatno veće od dimenzija virusa. Stoga se ne može reći da objekti na nanoskali imaju neku boju. Ovdje je boja iskorištena isključivo kad dodatna pomoć u poimanju oblika virusa.
Iznad je prikazan virus mozaičnog žutila repe. Radi se o biljnom virusu, koji, između ostalog, napada i kupus.
Mozaični virus krastavca je biljni virus. Vrlo
je dobro istražen i često se koristi kao modelni sistem za istraživanje samosastavljanja virusa. Na slici gore
vidi se presjek virusa, dakle po prvi put i njegova nutrina (bez RNA molekule). Zanimljivo je kako su proteini
ovog virusa evoluirali tako da se njihovi "repovi" protežu prema centru. Repovi (svijetlo-plavi dijelovi
virusa) su izrazito pozitivno nabijeni,
pa smo u ne tako davno objavljenom članku
proračunali da je razlog tome bolje vezanje negativno nabijene RNA molekule - izgleda da je velik dio interakcija
u virusu elektrostatskog porijekla.
NADOPUNA: (25.5.2015. godine) Još 3D slika virusa temeljenih na eksperimentalno određenim podacima
(PDB) možete vidjeti u postovima:
- >> NSF SciVis: Poster o >> Caspar-Klug klasifikaciji virusa.
- >> PCCP naslovnica: Virus mozaične bolesti krastavca (cucumber mosaic virus) i cowpea chlorotic mottle virus.
- >> Virus mozaične bolesti duhana: Virus mozaične bolesti duhana (tobacco mosaic virus).
- >> Modeli virusa: CMV, simian 40 virus
- >> Elastičnost virusa: Članak, sadrži statističku analizu elastičnih svojstava virusa te slike nekih virusa.
| << Deltaedri ala Leonardo | Leonardov hram, dio prvi >> |
Zadnji put osvježeno: 25. svibnja 2015. godine.