Elastičnost virusa (25. svibnja 2013. godine)
Već duže vrijeme pokušavam iz svojih istraživanja fizikalnih svojstava virusa izvući neku informaciju o evoluciji virusa. Takvi su
moji pokušaji dosad imali samo ograničen uspjeh. Iz istraživanja svojstava naboja i elektrostatike virusa bilo je teško
doći do univerzalnih zaključaka, kako se može vidjeti i u >> članku
objavljenom prošle godine.
>> Nedavno objavljeni članak nastavak je tih pokušaja
i cilj mu je bio pokušati naći moguće univerzalne karakteristike elastičnosti virusnih ljusaka, odn. univerzalnosti u protein-protein
međudjelovanjima u virusnom omotaču. Ovdje smo također imali samo ograničenog uspjeha, premda podaci možda i ukazuju na
"evolucijsku konvergenciju" svojstava virusnih proteina; teško je reći.
U svakom slučaju, >> rezultati su OVDJE pa procijenite sami.
Što se tiče tehnika znanstvene vizualizacije, one su već izlagane na stranicama "Konstrukcije stvarnosti". Slika iznad prikazuje
usporedbu oblika stvarnog virusa (brome mosaic virus; lijevo) i elastične ljuske koja modelira oblik virusa. Takve bi se usporedbe
trebale raditi na dovoljno velikim virusima, a to se vidi i iz naših rezultata gdje se značajnija konvergencija elastičnih svojstava
opaža samo kod velikih virusa.
Donekle je zanimljiva metoda koju smo koristili da svakom od virusa iz baze podataka pridijelimo modelnu elastičnu ljusku. Za te je
potrebe Anže razvio posebnu rutinu za kvantitativnu usporedbu stvarnog virusa i niza "probnih" elastičnih ljusaka prikazanih na slici iznad.
Za jednu iz niza probnih ljusaka, rutina tipično predviđa najmanje odstupanje od oblika stvarnog virusa te smo iz takve analize
zaključivali o elastičnim svojstvima virusnih omotača.
Elastične su ljuske inače rezultat fortranskog koda čiji je output vizualiziran u POV-Rayu (slika ispod) i obojen prema elastičnoj
energiji pojedinih regija ljuske. O tome sam nedavno govorio u >> predavanju o znanstvenoj
vizualizaciji, dijelu četvrtom.
| << Uvod u znanstvenu vizualizaciju 4 | Mekani diskovi u kontaktu >> |
Zadnji put osvježeno 25. svibnja 2013. godine