Čudnovato poglavlje, 2. studenog 2012. godine

oktaedarski virus, fantazija

Za nepripremljenog i neupućenog čitatelja možda je najčudnije XVIII poglavlje >> "Problema promatrača", naslovljeno Oktaedarska tempirana bomba. To je poglavlje koje mi je bilo potrebno da preusmjerim radnju romana, premda >> "Problem promatrača", naravno, nije roman koji bitno ovisi o radnji. "Radnja" u "Problemu promatrača" ima sličnu ulogu kao posudica s kikirikijem na stolu s kriglama pšeničnog piva i ozarenim, zdravim i veselim licima ljudi u čijem društvu volimo biti. Znači, ako je ima, dobro je, a ako je i nema, svejedno ćemo se odlično zabaviti.

Prije nego što sam roman proslijedio izdavaču, pročitalo ga je 6-7 ljudi, a dvojica od njih su me upozorila upravo na ovo poglavlje. Jedan mi je rekao da mu nije jasno pišem li ja to znanstveni rad u okviru romana. Naime, u poglavlju XVIII družina s Cricka 14 otkriva virus u mozgu Jajoglavog, ali ne bilo kakav virus, naravno. Radi se o virusu koji ima oktaedarsku simetriju, što znači da se može reducirati na triangulaciju oktaedra. Slika ispod pokazuje što pri tome mislim. U desnom obliku, svaki trokutić mogao bi predstavljati jedan protein virusnog omotača. Slika iznad objavljena je u knjizi i pokazuje kako bi jedan "oktaedarski" virus mogao izgledati "za prave", sa svim proteinskim "kvrgama" i "šavovima", i RNA molekulom u svojoj nutrini.

triangulacija oktaedra

Naravno, za sad poznati virusi NISU triangulacije oktaedra. Veliki broj virusa može se prikazati kao (ponekad kiralna) triangulacija IKOZAEDRA. O tome sam već mnogo puta pisao na stranicama Konstrukcije stvarnosti, a oni koje to zanima mogu popularni prikaz matematike ikozaedarskih virusa pročitati u >> članku koji sam napisao za Matematičko-fizički list ili u nešto, ali samo malo, kompleksnijem tekstu pohranjenom u ArXivu, >> Icosadeltahedral geometry of fullerenes, viruses and geodesic domes.

Rani istraživači virusa razmatrali su ideju o virusima različitih simetrija, što i nije čudno s obzirom da nisu imali detaljan eksperimentalni uvid kakav imamo danas. Tako slavni Crick i Watson u zaključku svog Nature članka iz 1956. godine kažu (moj prijevod s engleskog):

[proteinska] Ljuska je nužno prilično velika pa je virusu, kad je u stanici, lakše kontrolirati proizvodnju velikog broja identičnih malih molekula proteina, nego jednu ili dvije vrlo velike molekule koje bi imale ulogu ljuske. Ove male proteinske molekule se onda okupe oko ribonukleinske kiseline na regularan način, a to je moguće samo na ograničen broj načina ukoliko koriste ponavljanje istog uzorka pakiranja. Prema tome su mali virusi ili štapići ili sfere. Broj pod-jedinica u virusu štapićastog oblika je vjerojatno neograničen, ali u sferičnom virusu je vjerojatno umnožak broja 12. Svaki će mali virus sadržavati simetrijske elemente, a u pogodnim slučajevima se oni mogu i eksperimentalno otkriti.

Crick i Watson daju i tablicu mogućih simetrija virusa u kojoj se spominje i oktaedarska simetrija (ispod; iz Crick & Watson, "Structure of small viruses", Nature 177 (1956)). Kao dodatnu vezu Francisa Cricka, virusa i "Problema promatrača", napominjem da se istraživačka znanstvena postaja na kojoj se odvija radnja >> Problema promatrača zove Crick 14.

Crick i Watson, tablica mogućih virusnih simetrija

Ilustracija za XVIII poglavlje, prikazana na slici koja je otvorila ovaj post, pored izmišljenog virusa pokazuje i njegov aminokiselinski sastav (slika ispod) te trodimenzionalnu distribuciju atoma koji ga sačinjavaju. Taj su detaljni opis virusa načinili blizanci Jim i Joe Nguyen :), a ja sam ga za potrebe ilustracije izvukao iz neke od stotinjak deponiranih PDB datoteka virusa (slika ispod; slova u pozadini 3D prikaza virusa - u >> članku koji smo nedavno objavili, Anže Lošdorfer Božič detaljno je analizirao sve dostupne PDB zapise virusa).

oktaedarski virus, fantazija

Sad kad sam malo objasnio oktaedre, ikozaedre, proteine i viruse, možda i cijelo poglavlje bude jasnije... Ispod ga donosim u cijelosti, a možete ga i >> downloadirati u PDF zapisu, zajedno s ilustracijom oktaedarskog virusa.

XVIII. Oktaedarska tempirana bomba

Usprkos snu i smanjenoj aktivnosti neurona, mreža je i dalje propadala. Postalo je jasno da uzrok tome ne može biti samo preoperećenje neurona. Nešto je izjedalo mrežu iznutra i to brzinom koja se jasno i mjerljivo povećavala s protokom vremena. Neki zloćudni proces našao je mjesto za svoje postojanje ispod granice osjetljivosti svih kontrolnih mehanizama. Naravno, nazvati nešto „procesom“ značilo je ne dati jasno lice uzroku, pospremiti neznanje o njemu iza te riječi koja ne sugerira neku izdvojivu materijalnu realnost.

A „proces“ je imao sasvim materijalnog uzročnika. Nguyeni su ga pronašli skoro slučajno jer je bio tako mali da je promakao većini skenirajućih protokola. Gad je izgledao prekrasno kao i većina pripadnika njegovog parazitskog soja. Matematički precizan, krajnje jednostavan, ali sićušan i ubojit. Ukupno 48 proteina raspoređenih u nakupine od po tri i četiri i poslaganih u rijetku mrežu s oktaedarskom simetrijom. Moguće je da takvo nešto nikad prije nije otkriveno jer je njegova vrsta simetrije bila nespojiva sa ikozaedarskom distribucijom nakupina od po pet i šest proteina tipičnom za ogromnu većinu njegovih istraženih rođaka. Ovaj je bio i fascinantno malen, svega sedam i pol nanometara u dijametru. Količina genetske informacije, a blizanci su bili sigurni da se radi o RNA molekuli, koju je moguće smjestiti u tako ograničen prostor morala je biti manja od bilo čega poznatog otprije. Možda je to i bio razlog za relativno sporu propagaciju virusa i ovisnost njegovog sastavljanja o električnim procesima u neuronima. Možda se propagirao samo kroz aktivnu, misleću tvar. Stvar koja ubija ono što razmišlja. To bi objasnilo znatno usporavanje oštećenja neurona u stanju smanjene neuralne aktivnosti. „Tragično. Umjesto evolucije mislećih procesa, evoluirali smo virus koji se hrani mislima. Krasan kraj projekta.“. Ehrenfest je bio siguran da virus nije nastao mutacijom nekog običnog virusa donesenog izvana koji bi zagadio krvotok Jajeta i prošao kroz krvno-moždanu barijeru. Nijedan od protokola postupanja nikad nije bio prekoračen. Geometrizirani gad je morao evoluirati iznutra. Možda kataliziran adresiranjem anorganske matrice. To bi moglo objasniti njegovu neobičnu simetriju. Nguyeni su pretpostavljali da je virus u mreži bio već neko vrijeme, a da je njegova aktivnost dodatno potaknuta uporabom gama-noža prilikom odvajanja nubita. Kako god bilo, stvar je nastala iz hrpe proteinskog i RNA smeća koja se zadržala negdje, vjerojatno u međustaničnom prostoru, dovoljno dugo da bude katalizirana električnim poljem i anorganskim substratom i tako sastavljena u prekrasan dostavni paketić s mašnicom. I bombom unutra.

Rafinirani imuni sustav nije bio dio ustroja Jajoglavog. Nije bilo procesa imunog pamćenja i proizvodnje arsenala antitjela. Razvijena je samo osnovna skromna mašinerija kontrolirana u potpunosti izvana, nikad prije upotrijebljena i potpuno neadekvatna za ovu priliku. Blizanci su izolirali kulturu virusa i već proveli neke eksperimente na njoj ali bez ikakvih rezultata. Virus je mutirao golemom brzinom jer nije imao nikakve mehanizme koji bi očuvali njegov genetski ustroj. Možda je tako i napipao tu čudnu oktaedarsku simetriju i možda je samo par dana prije bio potpuno drukčiji. Njegova ničim kontrolirana mutacija bi ga učinila vjerojatno potpuno bezopasnim za ljude čiji imuni sustav bi ga skoro sigurno umrtvio već prvi dan. Teško je bilo reći koliko je bio opasan u ovom trenutku svoje evolucije, a Nguyeni o tome uopće nisu razmišljali. Trebalo je nešto učiniti i to što prije.

Prema propisanim protokolima Agencije, u ovakvim situacijama eksperiment je trebalo hitno prekinuti, hermetički zapečatiti laboratorije, osigurati sve uvjete za izolaciju virusa, obavijestiti nadležno tijelo na Zemlji i čekati tim čistača koji bi s krajnjom sigurnošću rasformirao sve tragove organske tvari. Nikome to naravno nije padalo na pamet, uključujući i profesora. On je žudio za još jednom prilikom za razgovor s Jajoglavim, ali u ovoj situaciji se to nije činilo izglednim. Premda je od njegovog dolaska na Crick sve išlo iz goreg u gore, stekao je neobično povjerenje u šutljive i pouzdane blizance, a i Ernestovo stanje više nije smatrao psihozom. Radilo se tu o problemu savjesti. Podivljalom problemu savjesti koji je možda graničio s psihozom, ali je započeo iz nečega što je profesor mogao savršeno dobro razumjeti. Ono što nije znao je koliko dugo je Ernest bio svjestan da je pređena granica iza koje se Jajoglavi morao smatrati... pa valjda osobom. Možda čak i čovjekom. Naravno, u nekom smislu dubljeg od onoga „ima dvije noge i dvije ruke“. Koliko dugo je znao da je problem nadišao granice znanstvenog istraživanja i postao problem savjesti? Otkad je znao da je od znanstvenika u potrazi za spoznajom postao liječnik odgovoran za nečiji život? Otkad je znao da su „računalo“ i „modelni mozak“ samo neistinite fraze kojima se skriva od tjeskobe? Eksperimentalni dnevnici projekta nisu davali odgovor na ovo pitanje, možda i stoga što su bili naknadno preuređivani, ali profesor je pretpostavljao da je ta situacija trajala barem nekoliko mjeseci. Stvoriti sakatu svijest, svijest „stroja“, „računala“ ili zatočenika? i spoznati tu činjenicu u punini tek nakon što ta svijest potone iza materijalne podloge, pobjegne u san iz kojeg nema izlaza. To je moralo biti bolno. Klaustrofobično. Svejedno, Ernest je prigrlio svoju noćnu moru. Čak i kad je dopustio operaciju na mozgu znao je da je odgovornost isključivo njegova i da profesor nikako ne može u potpunosti znati što predlaže jer je i sam već neko vrijeme razmišljao o tome. On će preuzeti sve na sebe. Prezir čovječanstva i bijes bioetičara i religioznih fanatika koji su ga i protjerali na hladni Crick 14. On će dati smisao njihovim parolama koji im zaludjeli dušebrižnici nisu znali dati.

On im je, na svoju žalost, mogao dati sasvim jasan smisao.

Downloadirajte >> XVIII poglavlje "Problema promatrača" u PDF zapisu.

Pročitajte više SF postova u >> arhivi.

<< Ti si moj Caravaggio NSF SciVis >>

Zadnji put osvježeno: 2. studenog 2012. godine.